近年来,污染环境犯罪呈常态化发展趋势,但污染环境罪因果关系的认定面临诸多困难,导致许多污染环境犯罪并未受到相应的刑事惩罚。以“污染环境罪”和“因果关系”为关键词确定232份刑事一审判决文书为样本并进行多角度实证分析,发现污染环境案件因果关系具有特殊性,在理论供给、认定技术等方面存在诸多认定困境。基于此,笔者提倡因果关系双层次理论,采用疫学因果关系和原因力标准,科学建构污染环境罪因果关系认定路径,并就其关键问题提出可行性对策。