政府与社会资本合作协议案件的司法调解,因与法院功能嬗变相契合而日益受到推崇。这不仅有利于推广司法调解作为此类案件的结案方式,而且有助于实现协议争议的实质性化解,以及营造政府与社会资本合作发展的良好营商环境。分析政府与社会资本协议案件司法调解规则,发现现有规则存在调解基本原则不完全符合行政协议的性质和特点,调解过程与调解结果的非公开性制度尚不完善,以及仅有诉中调解规则而缺少诉前调解规则等问题。这些问题的解决,离不开对传统“公权力不可处分”的理论突破,需要对政府与社会资本合作协议的法律性质、诉前调解的理论优势进行法理阐释。在此基础上,应从增加符合行政协议性质的有限调解和效率原则、健全调解过程与结果的保密性规则及例外条款、构建诉前调解以及调诉判关系的规则等方面实现政府与社会资本合作协议案件司法调解规则的优化。