允许将共同犯罪案件中认罪被告人与不认罪被告人分案审理,可能会产生侵害不认罪被告人的诉讼权利、损害定罪量刑的准确性以及被检察院用于实现不当目的等风险。造成这些风险的主要原因包括:未确立被告人完整的对质询问权,未明确前案裁判与后案裁判的关系,检察院在起诉方式与认罪认罚从宽制度的适用上居于主导地位等。为规避共同犯罪案件适用认罪认罚从宽制度的风险,应采取赋予被告人完整的对质询问权、明确前案裁判与后案裁判的关系、强化法院对审理方式的实质决定权,以及对认罪案件与不认罪案件的实质性审判等对策。